Тебе там нужен только один файл - bootstrap.scss. Его и подключаешь в свой style.scss. В нем же перечислены все используемые компоненты. Если планируешь использовать не все, то создаешь в scss-папке своего проекта свой файл bootstrap.scss, где перечисляешь нужные тебе компоненты. Тогда подключаешь его. Некоторые компоненты могут быть взаимосвязаны, так что отключай аккуратно. Для переопределения бутстраповских переменных также создаешь отдельный файлик variables.scss. Все изменения компонентов - также в отдельных файлах. Всё включаешь в единый style.scss, который и компилируешь в style.css удобным тебе способом. В разделе "Макеты для верстки", есть тема c макетом Splat, там была приблизительная структура макета.